Retrieve updated cellxgene database metadata
Arguments
- overwrite
logical(1) indicating whether the database of collections should be updated from the internet (the default, when internet is available and, in an interactive session, the user requests the update), or read from disk (assuming previous successful access to the internet).
overwrite = FALSEmight be useful for reproducibility, testing, or when working in an environment with restricted internet access.
Value
db() returns an object of class 'cellxgene_db',
summarizing available collections, datasets, and files.
Details
The database is retrieved from the cellxgene data portal web site. 'collections' metadata are retrieved on each call; metadata on each collection is cached locally for re-use.
Examples
db()
#> Collections ■■ 2% | ETA: 2m
#> Collections ■■ 3% | ETA: 2m
#> Collections ■■■ 7% | ETA: 1m
#> Collections ■■■■■ 13% | ETA: 1m
#> Collections ■■■■■■■ 21% | ETA: 45s
#> Collections ■■■■■■■■■ 26% | ETA: 43s
#> Collections ■■■■■■■■■■ 29% | ETA: 46s
#> Collections ■■■■■■■■■■■ 33% | ETA: 42s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■ 42% | ETA: 33s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■ 49% | ETA: 28s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■ 54% | ETA: 25s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 56% | ETA: 27s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 59% | ETA: 25s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 66% | ETA: 21s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 74% | ETA: 15s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 80% | ETA: 11s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 86% | ETA: 8s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 93% | ETA: 4s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 96% | ETA: 2s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 97% | ETA: 2s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 99% | ETA: 1s
#> Collections ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ 100% | ETA: 0s
#> cellxgene_db
#> number of collections(): 235
#> number of datasets(): 1488
#> number of files(): 2723